EEVL Haapsalu Kogudus on registreeritud 19. aprillil 1992.a. Siis kandis kogudus nime „Haapsalu Vabakirik“, 1993.a. muudeti nimi „Haapsalu Täisevangeelne Vabakogudus“ ja kogudus kuulub sellest ajast ka Eesti Evangeelsete ja Vabakoguduste Liitu, 2005. aastast on koguduse nimi Eesti Evangeelsete- ja Vabakoguduste Liidu Haapsalu Kogudus.

Kogudus on saanud alguse üheksakümnendate aastate alguses asetleidnud rahvusliku- ja usulise ärkamise tuules. 25.septembril 1991. aastal toimus evangeelne koosolek Haapsalu tuletõrjemaja saalis, millest kujunes hiljem regulaarne koosolekute pidamisse koht. 1990. aasta suvel toimus Eesti Kristlik Seminar, millest võtsid osa ka Haapsalu inimesed. Seminarist innustust saanuna korraldati Haapsalu Baptisti koguduses noorteõhtuid ja piibliuurimise õhtuid. Nendel õhtutel käsitleti Harry Leesmenti poolt koostatud Kristlaste Kasvamise Klasside käsiraamatut. Noorteõhtud kestsid kevadeni ja peaaegu kõik koguduse noored võtsid sellest osa. Kui materjal oli läbi võetud, otsustati hakata korraldama reedeõhtuseid noortekoosolekuid. Nendel koosolekutel lauldi ülistuslaule ja jagati tunnistusi ning lühijutlusi.

Mõned noored käisid vahepeal ka Pärnus Elu Sõna koguduses, kus nad said Püha Vaimuga ristitud. Sellest tekkis ind ka teistel ning hakati selle pärast palvetama ka noortekoosolekutel, et inimesed võiksid saada ristitud Püha Vaimuga. Noortekoosolekutest osavõtjate hulk hakkas kasvama. Augustis hakati otsima kuulutamise võimalusi ka väljapool palvemaja saali. Selleks otsiti linnast ruume, kus saaks pidada evangeelseid koosolekuid. Sobivaks osutus tuletõrjemaja saal, kus ainsaks puuduseks oli toolide puudumine. Tallinna Vineeri- ja Mööblivabrikust õnnestus saada vajalik kogus toolide detaile üliodava hinnaga. Kui toolid olid kokku pandud, kuulutati tuletõrjemajas välja koosolekud motoga “Jeesus on vastus.”

Esimesel õhtul tuli kohale umbes 60 inimest. Tuletõrjemaja klaverile tuli teha kapitaalremont, mispeale Peeter Rahuvarm sai enda peale võtta koosolekute muusikalise osa. Alguses olid kõik koosolekud kahekeelsed. Alati oli olemas sünkroontõlge vene keelde. Vahel, kui kõnelejaks oli keegi välismaalane, siis oli nii, toimus tõlge eesti keelde ja siis omakorda vene keelde. Ka laulud olid kahekeelsed. Hiljem alustasid venekeelsed õed-vennad oma kogudusega ja koosolekud toimusid vaid eesti keeles. Esimeste koosolekutega pöördusid umbes 20 inimest – see oli väga suureks kinnituseks tegijatele, et asi on ikka Jumalast. Koosolekud hakkasid toimuma regulaarselt – igal teisipäeval kell 19.00. Külastajaid tuli üha juurde ning ühel koosolekul oli isegi 149 inimest. Esimesel õhtul kuulutas „pritsimajas“ Allan Laur, teisel Harry Leesment ja siis Krispus Rathnam. Jõulude ajal said ristitud 21 inimest. Ristitutega otsustati luua uus kogudus. Asutamiskoosolek toimus Tarmo Väeri kodus. Osa võtsid sellest Peeter Vikman koos oma naise Maaritiga, Tarmo Väer koos oma naise Enega, Ingar Lao koos naise Raili Laoga ja veel mõned. Seal otsustati moodustada Haapsalu Vabakirik, mis sai ametlikult registreeritud 19. aprillil 1992 aastal. Selle aasta ülestõusmispühadel toimuski koguduse pidulik asutamine. 20. detsembril 1993 toimus seoses uue seadusemuudatusega nimevahetus. Uueks nimeks sai Haapsalu Täisevangeelne Vabakogudus.

Alustati evangeeliumi kuulutamist ka mitmes paigas Läänemaal. Ansambel „Sõnajalad“ 1991. aasta jõulukontsert Lihula kultuurimajas pani alguse koosolekutele Lihulas. Suvel korraldati Lihulas telgikoosolekute seeria, mis lisasid usklike hulka mitmeid uusi inimesi. Haapsalu Vabakiriku üks algatajatest – Urmas Elmi, läks Eesti Kristliku Kiriku Piiblikooli ning võttis seejärel vastutuse Lihulas toimuva misjonitöö eest enda peale. 1993. aasta kevadel asutati Lihula kogudus. Alselt otsustati teha Lihula Vabakirik, kuid Märt Vähi mõjutusel tekkis EKNK Lihula kogudus. Paralleelselt tehti misjonitööd ka Virtsus ja Vatlas. Virtsus ei saavutatud erilist edu, kuid Vatlas toimusid koosolekud 1999. aastani. Linnamäel toimusid telgikoosolekud 1995. aastal ja peale seda toimusid kaks aastat seal pühapäevakoolid. 1993 aastal alustati pühapäevakoolide tööga ka Haapsalus ning paralleelselt eestikeelse pühapäevakooliga tehti seda ka venekeelsetele lastele. 1993. aasta kevadel valiti Haapsalu Vabakirikule pastor, kelleks sai Peeter Vikman. Sinnamaani oli kogudusel lihtsalt juhid Tarmo Väer, Peeter Vikman ja Urmas Elmi. 1994. aasta sügisest toimus igal reedel kell 18.00 piiblikool. Seal käisid kõnelemas ja õpetamas pastorid ja töötegijad üle Eesti ning rahvast käis kohal kusagil 30-40 ringis. Piiblitunnid kestsid tol ajal peaaegu 4 tundi. 1995. aasta sügisel otsustati korraldada koolitus töötegijatele ning seal osalesid need, kes olid potentsiaalsed töötegijad või need, kes juba midagi koguduses tegid. Kogudusel ei olnud sinnamaani oma kindlaid ruume. Vahepeal üüriti paar aastat ruume ühes vanas lasteaias, kuid linnavalitsus ütles lepingu üles, kuna sinna kavatseti teha sotsiaalmaja. Taas alustati koosolekuid pritsimajas kus oldi 1999. aasta alguseni. Siis hakkasid jumalateenistused toimuma Haapsalu Metodisti kirikus. 1995. aastal õnnestus kogudusel osta üks lagunenud maja.

Haapsalus Raudtee tänaval. Raha selleks kogus Rootsi Spånga nelipühi koguduse pastor Carl Einar Långström. Majas ei olnud võimalik kohe tegevust alustada, tuli alustada ehitustöödega. Kõigepealt otsustati valmis teha väiksem ruum, kus hakati hiljem pidama palvekoosolekuid ja piiblitunde. Väike ruum sai valmis 2001. aastal, kuid selleks ajaks oli seda juba mitu aastat kasutatud eelpoolnimetatud koosolekute läbiviimiseks. Osa materjale maja ehituseks saadi Norrast ühe pangakontori lammutamiselt. Sealt saadi laelambid, keerdtrepp, ripplagi jm. Maja sai kasutuskõlblikuks 2002. aasta kevadel ja siis alustati seal regulaarsete jumalateenistustega. 1999. aasta sügisest hakati tegema koos Haapsalu Metodisti kirikuga Alfa kursusi ning need olid väga edukad.. Alfa kursuse kaudu on mitmed inimesed kogudusega liitunud. Keskmiselt on igast Alfa kurususes osa võtnud 15 inimest. Kogudus on olnud osaline ka projektis “Operation Christmas Child”, mille käigus on kuulutatud evangeeliumi ja jagatud jõulukinke lastele Haapsalus ja Läänemaal. Selle tulemusena on paljud lapsed liitunud koguduses toimuvate pühapäevakoolidega. Praeguseks on koguduse liikmete arv kasvanud üle saja. Regulaarselt külastab koosolekuid kusagil 50-60 inimest. Kuna Haapsalus on vahepeal venekeelse koguduse töö soikunud, siis alustati uuesti venekeelsetele inimestele suunatud koosolekutega.

2007. aasta kevadest on vene tööst moodustumas EKNK venekeelne kogudus. Kevadel 2003. a. otsustas koguduse senine pastor Peeter Vikman võtta aastaks puhkust ja koguduse pastoriks kinnitati l EMK Teoloogilise seminari lõpetanud Valdo Nõlvak. 2004 a. kevadest alates jätkab koguduse pastori ametis Peeter Vikman